Korzyści zdrowotne probiotyków są nie tylko związane z zastosowanymi szczepami, ale także ściśle powiązane z dawkowaniem. Badania naukowe pokazują, że probiotyki mogą kolonizować, namnażać się i wywierać działanie regulacyjne w jelitach jedynie wtedy, gdy są spożywane w wystarczających ilościach. Dzięki temu poprawiają mikroflorę jelitową, wspomagają trawienie i wchłanianie składników odżywczych lub wzmacniają odporność. Jednakże skuteczna dawka różni się w zależności od szczepu. Na przykład niektóre szczepy mogą dawać pozytywne efekty przy dziennym spożyciu zaledwie kilkuset milionów żywych komórek, podczas gdy inne wymagają większych ilości, aby osiągnąć zauważalne korzyści.
W przypadku tego samego szczepu, w pewnym zakresie, wyższa dawka z większym prawdopodobieństwem przyniesie znaczące korzyści zdrowotne niż niższa dawka. Nie oznacza to jednak, że „więcej zawsze znaczy lepiej”. Przekroczenie zalecanej dawki nie będzie stale wzmacniać efektu, a nawet może prowadzić do marnotrawstwa lub, w niektórych przypadkach, zwiększać ryzyko dyskomfortu żołądkowo-jelitowego.
Co więcej, ponieważ różne szczepy mają odmienną charakterystykę i mechanizmy działania, samo porównanie liczby żywych komórek w produkcie nie wskazuje na jego ogólną skuteczność. Bardziej naukowym sposobem oceny skuteczności probiotyków jest odniesienie się do dowodów klinicznych potwierdzających konkretny szczep, a nie tylko jego ilość. Wybierając produkty, konsumenci powinni skupić się na szczepach posiadających dane z badań klinicznych i wiarygodne certyfikaty, wybierając te, które odpowiadają ich indywidualnym potrzebom, zamiast ślepo gonić za wysokimi dawkami lub samą liczbą żywych bakterii.