Istnieje dziewięć wyzwań, na których należy się skupić przy włączaniu probiotyków do matryc żywności. Są to: 1. selekcja szczepów, 2. produkcja szczepów, 3. jak zaszczepić żywność, 4. jak zapewnić przetrwanie podczas przetwarzania, 5. jak uniknąć utraty żywotności podczas przechowywania, 6. jak obliczyć [Probiotyki] Liczba kolonii, 7. Wpływ na właściwości sensoryczne żywności, 8. [Zachowanie produktu] stabilność w domach konsumentów, 9. I odgrywać rolę w przewodzie żołądkowo-jelitowym.
W szczególności w sokach kwasy organiczne często obniżają pH produktu poniżej 4, co hamuje przetrwanie probiotyków. Przy wyborze należy wziąć pod uwagę te probiotyki, które tolerują niskie pH, takie jak Lactobacillus nad Bifidobacterium.